Der Verwaltungsrat steuert die Rhätische Bahn mit Weitsicht. Je zwei Mitglieder delegieren der Kanton Graubünden und der Bund, die Generalversammlung wählt die anderen Mitglieder. Präsident des Verwaltungsrates ist seit dem Jahr 2011 Ständerat Stefan Engler.

Der Verwaltungsrat setzt sich aus sieben Mitgliedern zusammen. Gemäss den Statuten gestützt auf Artikel 762 des Obligationenrechts (OR) und Artikel 14 des Eisenbahngesetzes (EBG) ernennen die Regierung des Kantons Graubünden sowie der Bund je zwei Mitglieder. Zurzeit hat der Bund nur einen Vertreter bestimmt. Die Generalversammlung wählt die restlichen Mitglieder. Die Amtsdauer beträgt zwei Jahre.

Der Verwaltungsrat wählt den Präsidenten, den Vizepräsidenten und den Sekretär, der nicht zwingend Mitglied des Verwaltungsrates ist. Das Audit Committee unterstützt als Prüfungsausschuss den Verwaltungsrat in seiner Oberaufsichtsfunktion, dem Risikomanagement und dem internen Kontrollsystem. Die Entscheidungsfindung und Beschlussfassung erfolgt im Gesamtverwaltungsrat. Der Verwaltungsrat hat gemäss den Statuten die Geschäftsführung an die Geschäftsleitung der Rhätischen Bahn delegiert.